Berberiini-hydrokloridi käytetään pääasiassa gastroenteriitin, bakteerisuppenian ja muiden suolistoinfektioiden, sidekalvotulehduksen, supistavan välikorvan mediaan ja muun tehokkaan hoitoon. On myös havaittu estävän alfa-reseptoreita ja estävät rytmihäiriöt. Sillä on estäviä vaikutuksia Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi ja Amoeba. Kliinisesti sitä käytetään pääasiassa suolistosairauksiin ja suoliston dysenteryyn. Viime aikoina tämän tuotteen on myös todettu olevan rytmihäiriölääkkeitä. Berberiinilla on voimakas kasvaimen vastainen aktiivisuus in vitro ja in vivo ja voi indusoida B16-solujen erilaistumista; sillä on synergistinen vaikutus sytarabiinihydrokloridin kanssa in vitro suoliston infektion, silmänsydentrian ja muiden suolistosairauksien hoitoon, sidekalvotulehdus, Suppuratiivinen otitis media on tehokas.
